Abstrakt

Integriertes Transkriptom-weites Profiling und Proteinstrukturanalyse pathogener Gene bei venöser Thromboembolie

Yan Che, Jing Ding, Yan Zhang

Hintergrund: Genetische Faktoren werden als ausschlaggebend für das Gleichgewicht der Gerinnungs- und Antikoagulationsprozesse angesehen, doch die genetischen Varianten, die mit venösen Thromboembolien (VTE) in Zusammenhang stehen, sind noch unklar. Ziel dieser Studie war es, die potenziellen molekularen Mechanismen und pathogenen Mutationen zu untersuchen, die mit VTE in Zusammenhang stehen. Dazu wurden VTE-bezogene differentiell exprimierte Gene (DEGs) durch transkriptomweites Profiling und die Analyse der Proteinstruktur bei VTE bestimmt.

Methoden: Zwei Genexpressionsdatensätze, GSE48000 und GSE19151, wurden aus der Gene Expression Omnibus (GEO)-Datenbank abgerufen, um Genexpressionsdaten zu erhalten, die mit VTE in Zusammenhang stehen. Wir identifizierten die DEGs zwischen VTE-Patienten und gesunden Menschen mithilfe von R und führten eine funktionelle Anreicherungsanalyse durch, einschließlich einer Analyse der Gene Ontology (GO) und der Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG). Anschließend wurde eine Whole-Exome Sequencing (WES) für 25 VTE-Patienten und 17 normale Fälle durchgeführt und die strukturellen Standorte pathogener Missense-Mutationen mithilfe von pyMOL identifiziert. Schließlich wurde die DGIdb-Datenbank verwendet, um potenzielle Medikamente zur Behandlung von VTE auszuwählen.

Ergebnisse: Aus der GEO-Datenbank wurden insgesamt 232 DEGs identifiziert. Die wesentliche Funktion dieser DEGs war hauptsächlich am RNA-Katabolismus und am Ribosomenweg beteiligt. Insbesondere zeigten die Ergebnisse der WES für DEGs und der Proteinstrukturanalyse, dass Histamin-N-Methyltransferase ( HNMT ) (chr2: 138759649 C>T, rs11558538) ein Hauptfaktor zur Prädisposition für VTE sein könnte. Darüber hinaus wurden Amodiaquin, Harmalin, Aspirin, Metoprin, Dabigatran und Diphenhydramin auf ihre VTE-Therapie untersucht.

Schlussfolgerung: Die Ergebnisse zeigten, dass HNMT (chr2: 138759649 C>T, rs11558538) ein potenzielles Ziel für die Diagnose und Behandlung von VTE sein könnte.