Abstrakt

Bewertung von DNA-Extraktionsmethoden und DNA-Konservierungslösungen zur Untersuchung mikrobieller Bodengemeinschaften

 Paul Iturbe-Espinoza 

 Bei der Hochdurchsatzsequenzierung kann die Zusammensetzung der mikrobiellen Gemeinschaft verändert werden, wenn die DNA unvollständig gereinigt wird oder wenn DNase-Aktivität auftritt. Ziel ist es, Verzerrungen im Zusammenhang mit der DNA-Reinigung von Böden abzuschätzen und die Wirkung einer DNA-Konservierungslösung auf die Zusammensetzung der mikrobiellen Gemeinschaft zu bewerten. Zu diesem Zweck wurde die Effizienz der DNA-Extraktion zwischen einzelnen Stämmen, einer Mischung von Stämmen und mikrobiellen Bodengemeinschaften verglichen. Das 16S-ribosomale RNA-Gen von Böden wurde amplifiziert und sequenziert, um die strukturellen Unterschiede der mikrobiellen Gemeinschaften zu vergleichen, die sich aus zwei kommerziellen DNA-Reinigungskits ergaben. Außerdem wurden Bodenproben aus dem nigerianischen Delta entnommen und unter Verwendung einer DNA-Konservierungslösung in die Niederlande transportiert, um die Stabilisierung der mikrobiellen DNA-Gemeinschaft zu bewerten. Die Ergebnisse deuten auf eine Verzerrung bei der Quantifizierung von Gram-Positiven hin, die im Wesentlichen mit der Zelllysekapazität der DNA-Extraktionskits zusammenhängt. Diese Verzerrung hätte wichtige Auswirkungen auf mikrobielle Ökologiestudien, in denen die Häufigkeit und Funktion von Gram-Positiven unterschätzt werden könnte.