Das respiratorische Mikrobiom ist die mikrobielle Gemeinschaft der Lunge, die aus einer komplexen Vielfalt von Mikroorganismen besteht, die in den unteren Atemwegen, insbesondere auf der Schleimschicht und den Epitheloberflächen, vorkommen. Zu diesen Mikroorganismen zählen Bakterien, Pilze, Viren und Bakteriophagen. Der bakterielle Teil der Mikrobiota wurde genauer untersucht. Es besteht aus einem Kern von neun Gattungen: Prevotella, Sphingomonas, Pseudomonas, Acinetobacter, Fusobacterium, Megasphaera, Veillonella, Staphylococcus und Streptococcus. Sie sind sowohl Aerobier als auch Anaerobier und aerotolerante Bakterien. Die mikrobiellen Gemeinschaften sind bei einzelnen Individuen sehr unterschiedlich und bestehen aus etwa 140 verschiedenen Familien. Der Bronchialbaum beispielsweise enthält durchschnittlich 2000 Bakteriengenome pro Quadratzentimeter Fläche. Die schädlichen oder potenziell schädlichen Bakterien werden routinemäßig auch in Atemwegsproben nachgewiesen. Die bedeutendsten sind Moraxella catarrhalis, Haemophilus influenzae und Streptococcus pneumoniae. Es ist bekannt, dass sie unter bestimmten Bedingungen Atemwegserkrankungen verursachen, insbesondere wenn das menschliche Immunsystem geschwächt ist. Der Mechanismus, durch den sie bei gesunden Personen in den unteren Atemwegen verbleiben, ist unbekannt. Die häufig vorkommenden Pilzgattungen bilden das Lungenmykobiom in der Mikrobiota der Lunge und umfassen unter anderem Candida, Malassezia, Neosartorya, Saccharomyces und Aspergillus.