Abstrakt

Genomweites Screening zellwandbezogener Module in Mycobacterium tuberculosis basierend auf groß angelegter Coexpressionsanalyse

Huaidong Wang, Bingqiang Liu, Zhuoyuan Xin, Zipeng Duan, Xiaoyu Sun, Yan Lin, Zhifeng Yang, Guoqing Wang*, Fan Li*

Die Zellwand von Mycobacterium tuberculosis spielt eine wichtige Rolle bei der Pathogenese. Es ist unmöglich, die mit der Zellwand verbundenen Gene einzeln zu analysieren, da eine funktionelle Annotation fehlt. Hier haben wir eine Clusteranalyse der Expressionsdaten von Gen-Microarrays durchgeführt und 33 Coexpressionsmodule durch die Konstruktion von drei Knoten koregulierter Netzwerke gewonnen. Insgesamt 555 mit der Zellwand verbundene Gene wurden in den Modulen mithilfe eines multifaktoriellen logistischen Regressionsmodells und einer Motivvorhersageanalyse vorhergesagt. Die Modulanalyse identifizierte 15 Gene ohne Annotation, die ebenfalls mit der Zellwand verbunden waren. 25 Module enthielten signifikante Motive, und Gene in 10 dieser 25 Module hatten ein gemeinsames Motiv. Der hier verwendete methodische Ansatz kann zur Identifizierung und Beschreibung anderer funktionsassoziierter Gene im Genom von M. tuberculosis angewendet werden. Die Ergebnisse dieser Studie könnten das Verständnis der Zellwand von M. tuberculosis verbessern und zur Suche nach neuen Zielen für Medikamente gegen Tuberkulose beitragen.