Abstrakt

Genomweite Auswahl und Prüfung überlegener Referenzgene zur quantitativen Normalisierung der Genexpression in Tabak (Nicotiana tabacum)

Yushuang Guo, Ruiyuan Li, Zeshan Asgher, Imran Haider Shamsi, Shizhou Yu, Jiehong Zhao und Xueliang Ren

qRT-PCR ist ein sehr genaues Werkzeug zur Messung der Genexpression in allen Organismen. Genaue und reproduzierbare qRT-PCR-Ergebnisse hängen von der Normalisierung der Expressionsdaten mithilfe zuverlässiger Referenzgene ab. Um den Pool zuverlässiger Referenzgene in Tabak zu diversifizieren, wurde die Expressionsstabilität von 44.873 Tabakgenen (ESTs) mithilfe eines maßgeschneiderten Microarrays in einem vielfältigen Satz von 21 Proben gemessen, die verschiedene Gewebetypen und Entwicklungsstadien repräsentieren. Insgesamt wurden 14 Gene als Kandidatenreferenzgene ausgewählt, da sie am stabilsten zu sein schienen. Diese Gene wurden mit zwei weit verbreiteten Housekeeping-Genen (L25 und EF-1a) zur weiteren Validierung durch qRT-PCR verglichen. Die Ergebnisse zeigten, dass Gen 3 (NADH-Dehydrogenase) und Gen 4 (Chaperonin CPN60-2) die höchste Expressionsstabilität aufwiesen und sogar stabiler waren als L25 und EF-1a. Zusammengefasst bieten unsere Ergebnisse einen größeren Pool stabiler Referenzgene für die Genexpressionsanalyse von Tabak.