Abstrakt

Die Auswahl von Referenzgenen für einen Vergleich der Biosynthese von Flavoiden aus L. confusa und L. japonica

Qiao-cheng MO, Mu-xiu TAN, Dan-na HUANG, Feng-hua SHI*

Die Stabilität von 8 Kandidatenreferenzgenen in 4 Geweben von L. confusa und L. japonica wurde mithilfe von vier Algorithmen ausgewertet, um die Validität der Referenzgene für ihre Verwendung zur genauen Normalisierung von qRTPCR-Daten zu beurteilen. Die 8 Kandidatenreferenzgene sind β-TUB, eIF-4a, ACT11, eEF-1α, GAPDH, UBQ10, 18S und 25S und die 4 Gewebe waren Blätter, grüne Knospen, weiße Knospen und weiße Blüten. Die Ergebnisse zeigten, dass die stabilsten Gene, die von den vier Algorithmen aus diesen 8 Genen ausgewählt wurden, sich für diese Gewebe leicht unterscheiden, die am wenigsten stabilen Gene jedoch in allen Fällen gleich waren. ACT11, eIF-4a und β-TUB sind die drei stabilsten Gene laut Auswahl von geNorm, β-TUB ist das stabilste laut Beurteilung von Delta CT und Normfinder und GAPDH laut Bestkeeper. 18S und 25S waren nach Einschätzung aller vier Algorithmen die beiden am wenigsten stabilen Gene. Um die Gültigkeit dieser ausgewählten Gene mit den vier Methoden zu verifizieren, wurde das relative Expressionsniveau des FSⅡ-Gens in diesen 8 Geweben mit ihnen normalisiert. Ähnliche Expressionsprofile von FSⅡ wurden bei den stabilsten Genen beobachtet, die mit den vier Methoden ausgewählt wurden, und das höchste wurde in den Blättern und das niedrigste in den Blüten von L. confusa gefunden. Sie unterscheiden sich jedoch offensichtlich von den Profilen, wenn sie einer Normalisierung mit den beiden am wenigsten stabilen Genen unterzogen werden: 18S und 25S. Dies zeigte, dass apportative Referenzgene für Genprofil-Assays unverzichtbar sind und diese von den vier Algorithmen empfohlenen Gene alle zuverlässig sind. Dies ist der erste Bericht über die Auswahl von Kandidatenreferenzgenen in Lonicera-Arten und er wird einen genaueren Vergleich der Genexpression im Biosyntheseweg der Flavoide zwischen L. confuse und L. japonica ermöglichen.