Die Pharmazeutische Mikrobiologie ist ein angewandter Zweig der Mikrobiologie. Dabei geht es um die Untersuchung von Mikroorganismen im Zusammenhang mit der Herstellung von Arzneimitteln, z. B. die Minimierung der Anzahl von Mikroorganismen in einer Prozessumgebung, den Ausschluss von Mikroorganismen und mikrobiellen Nebenprodukten wie Exotoxin und Endotoxin aus Wasser und anderen Ausgangsmaterialien und die Gewährleistung der Sterilität des fertigen Arzneimittels Zeitschriften für pharmazeutische Mikrobologie: Angewandte und Umweltmikrobiologie, Journal of Clinical Microbiology, Molekulare Mikrobiologie, Rezensionen zur klinischen Mikrobiologie, Mikrobiologie und Molekularbiologie, Nature Reviews Microbiology, Jahresrückblick über Mikrobiologie, Angewandte Mikrobiologie und Biotechnologie, Trends in der Mikrobiologie.